已传播 10+ 国,Omicron 风险等级升至「非常高」,2 国封锁国
2022/2/28 丁香园

     本文作者:地猫

     Omicron 突变株 11 月 9 日在南非被首次确认,11 月 24 日被首次报告给 WHO,收到报告后当天,WHO 即将它列入「需留意的变异株」(VOI,其风险等级次于VOC)。11 月 26 日,WHO 为其命名并正式列入「需要关注的变异株」(VOC)。

     Omicron 命名的第三天,风险等级评估便升为「非常高」,这是 WHO 在应对所有突变株时行动最快的一次。

    

     图源:WHO 官网

     Omicron 有哪些特点?

     意大利当地时间 11 月 27 日,罗马儿童医院科研团队发布了全球首张 Omicron 毒株图片。这张图片是根据目前科学界发布的病毒序列做出的,序列相关研究主要来自非洲博茨瓦纳、南非和香港。

    

     图源:Bambino Gesu hospital in Rome

     图片显示,与 Delta 毒株相比,Omicron 毒株拥有更多的刺突蛋白突变。这些变异非常多样化,且大部分位于与人体细胞相互作用的区域。

     研究人员表示,这表明新冠病毒通过变异进一步适应了人体,但并不一定意味着变得更加危险。

     这张图片显示了 Omicron 的所有突变位点,但没有解释它们各自的作用。

     Omicron 在刺突蛋白上的关键部位(与 ACE2 受体结合的 RBD 区域)有 10 个突变。相比之下,Beta 突变株在 RBD 区域有 3 个突变,而 Delta 突变株在同一区域只有 2 个。

     而之前在其他毒株中出现过的许多突变,均存在于 Omicron 株中,比如在 Alpha 株出现的 P681H,Beta 株中出现的 K417N、N501Y、D614G,Gamma 株中出现的 H655Y,Delta 株中出现的 T478K 等。

     其中 T478K 可能会直接增强 RBD 区域 与 ACE2 受体的相互作用,并以此逃避免疫系统监视。这在体外培养试验已经得到了初步验证:T478K 更容易在低滴度抗体环境下发生二次突变。

     同时,T478K 突变通常与其他复杂突变(如核衣壳蛋白的 RG203KR 突变,或涉及病毒 RNA 依赖的 RNA 聚合酶 NSP12 的突变)共存,因此 T478K 也可能是复杂突变病毒的「前哨」突变。

     N501Y 突变也有相似的作用。去年 9 月 Cell 发表的一篇论文曾提到,刺突蛋白 RBD 区域的 N501 突变可改变病毒与人类 ACE2 受体结合的关键残基,降低 RBD 关键残基的极性,从而提高新冠病毒与人体细胞表面 ACE2 受体的亲和力,导致病毒更具感染力。

     如图,当箭头所示的 501 位点突变为 Y 氨基酸时,RBD 区域与 ACE2 受体的亲和力将增加至更高的水平。

    

     图源:参考文献[1]

     P681H 也会增强病毒的传染力。因为 P681H 紧邻 Furin 蛋白酶切位点,而 Furin 蛋白酶切位点对新冠病毒感染宿主细胞至关重要,

     因此理论上讲,T478K 、N501Y 、P681H 都可能导致病毒更具感染力,使得毒株更容易人传人。

     除了增强病毒的感染力之外,还有一些突变与免疫逃逸有关。研究表明,新冠病毒S蛋白若出现 K417N、E484A 或 N501Y,提示免疫逃逸能力增强。而Omicron 变异株同时存在「K417N+E484A+N501Y」三重突变。

     此外,D614G 突变与膜融合相关,能促进病毒更容易与人体细胞膜融合。

     美国 Fred Hutch 研究所的病毒学家 Trevor Bedford 在个人 Twitter 中,做出了 Omicron 病毒在人群中传播能力的推断。

     Trevor 分析了 Omicron 毒株与病毒感染力相关的突变后,做出了一张图,推测 Omicron 毒株的感染力与 Gamma 毒株相似。

    

     图源:Trevor Bedford 的个人 Twitter

     而病毒在人群中的传播能力,需要综合考虑病毒的感染力和免疫逃逸能力。

     Trevor 推测 Omicron 毒株感染力低于 Delta 毒株,但免疫逃逸能力高于 Delta 毒株。而由于目前人群免疫力水平较高,这样的 Omicron 毒株会比 Delta 毒株在人群中传播得更快。

    

     图源:Trevor Bedford 的个人 Twitter

     Trevor 强调道,这些关于 Omicron 毒株在人群中的传播能力只是推测,一切还需要进一步的研究和试验证明。

     15 国出现新毒株,2 国封锁国境

     截至 11 月 30 日,南非、博茨瓦纳、以色列、比利时、意大利、英国、澳大利亚、奥地利、加拿大、捷克、留尼汪(法)、荷兰、西班牙、德国和中国香港等国家和地区,已监测到该变异株的流行或输入。

     目前,欧洲国家中发现 Omicron 病例最多的国家是荷兰。26 日从南非至荷兰的两趟航班的约 600 名乘客中,有 61 例检出新冠病毒阳性,其中 13 人被确认感染了 Omicron 毒株。

     面对 Omicron 毒株,最先做出反应的是英国。

     英国当地时间 25 日晚,英国卫生大臣宣布从 26 日 12 时起将 6 个非洲国家列入红色名单,暂停这些国家入境英国的航班。此时英国尚未发现有关病例。28 日凌晨 4 时,英国又将 4 个国家列入红色名单。27 日,英国对所有国际旅客收紧防疫措施。

     而最先封锁国境的国家是以色列。

     当地时间 28 日凌晨,在经过政府各部长和公共医疗卫生专家组的开会讨论后,以色列政府决定出台新的新冠疫情防控措施,其中包括在未来两周内禁止所有外国人入境以色列。

     日本是第二个封锁国境的国家。

     据日本广播协会(NHK)当地时间 11 月 29 日报道,日本首相岸田文雄宣布,受新冠病毒奥密克戎变异毒株的影响,从 30 日零时起暂停所有国家和地区外国人新的入境。

     在 WHO 为 Omicron 命名的当天(26 日),美国、加拿大、德国、意大利、荷兰、瑞士、以色列、新加坡等国都宣布对南非及其邻国实施入境限制。

     而南非不满各国的旅行禁令。南非国际关系与合作部27日发表声明,优秀的科学表现应该受到表扬,而不是惩罚。随后世卫组织卫生紧急项目技术主管玛丽亚·范·科霍夫 27 日呼吁全球各国对 Omicron 毒株进行平衡的应对。

     英国和以色列的疫苗全程接种率超过 80%,以色列第三针接种率也已经达到了 50% 左右。为什么疫苗接种率很高的国家会如此紧张呢?

     对此,张文宏认为,这两个国家之所以对外来输入采取的措施突然收紧,是因为不确定 Omicron 毒株能否突破原有的免疫屏障。

     南非的疫苗接种完成率低,完成全程接种的人口比例仅 24%,自然感染率 4.9% 左右,不足以构建免疫屏障,所以 Omicron 毒株出现在此并不意味着免疫突破。

     而如果 Omicron 毒株最终被证实能够突破现有的免疫屏障,那就意味着全球必须对已有的所有疫苗体系做调整,开始进入流感疫苗接种模式,每年根据病毒变异情况迅速构建新的疫苗。

     「要判断 Omicron 毒株是否会对目前初步建立的脆弱的人群免疫构成威胁,大概需要两周左右的观察时间。让我们拭目以待吧,好在不需要太长时间。」张文宏说。

     为研究 Omicron 毒株是否会对新冠疫苗的保护效果产生影响,各疫苗公司纷纷紧锣密鼓地行动起来。

     阿斯利康表示已经在博茨瓦纳和斯瓦蒂尼开展研究,以收集牛津/阿斯利康疫苗对抗新变种的真实数据。强生公司 11 月 26 日也证实,正在测试他们的疫苗对新变种的有效性,以评估是否可能需要更新。

     也有一些疫苗公司已经着手研发新疫苗。辉瑞公司在 11 月 26 日表示,只要需要,可以迅速针对新变种调整疫苗,在 100 天内即可交付首批疫苗。莫德纳也表示针对 Omicron 毒株的疫苗预计未来几周将有数据。

     卫健委:我国当前暂时观望

     近来,关于「核酸检测会不会漏测 Omicron 毒株」的问题,引发了人们的担心。因为南非多个实验室的数据提示,对于检测靶标为 S 基因的核酸检测试剂可能无法有效检出 Omicron 变异株的 S 基因。

     事实上,南非的核酸检测不止检测 S 基因,用的是常见的 TaqPath 这类多位点检测。

     TaqPath 新冠测试又叫 S 脱落测试,针对三个位点(ORF1ab 基因、N 基因、S 基因),比中国疾控中心公布的检测方案(ORF1ab 基因、N 基因)多一个位点。面对 Alpha 和 Omicron 毒株时,S 基因测不到,但另外两个位点不变。

     所以这种核酸测试反而比一般测试有优势,不仅可以测出新冠阳性,还可以从结果快速判断病毒感染的可能是变异毒株,具体的毒株类型再由基因测序来核实。

     Omicron 突变株并不会影响 TaqPath 的测试效果。

     2021 年 9 月 23 日 FDA 的一封文件专门谈了「新冠病毒突变:对测试的影响」,文件对现有的几种核酸测试都做了分析,其中对 TaqPath 的最新评估是:该检测是为检测多个基因目标而设计的,整体的检测灵敏度应该不会受到影响,当有某些突变存在时,可能有助于早期识别患者感染的新变体,以减少感染的进一步扩散。

     世界卫生组织最近对 Omicron 的声明也提到这种测试的优越性:这种广泛使用的(S 基因脱落)检测可以先作为该突变株的标记,以后再测序确认。

     所以,南非用的测试法,不仅不会漏测阳性病例,反而会更快地发现 Omicron 突变病例。

     同时,Omicron 的突变位点也不影响我国主流核酸检测试剂的敏感性和特异性。

     国家卫生健康委组织中国疾控中心专家表示,突变位点主要集中在 S 蛋白基因的高变异区,并不位于我国第八版《新型冠状病毒肺炎防控方案》公布的核酸检测试剂引物和探针靶标区域(中国疾控中心病毒病所向全球公布的新冠病毒 ORF1ab 基因和 N 基因)。

     目前,我国除香港外的其他省市,尚未有 Omicron 病例的报告。

     香港特区政府卫生署卫生防护中心 11 月 29 日公布,截至当日零时零分,香港感染奥密克戎变异毒株的病例增至 3 例。

     香港对 Omicron 采取了多项应对措施。

     香港特区政府 11 月 29 日晚公布,因应最新疫情发展,由 30 日凌晨零时起禁止从安哥拉、埃塞俄比亚、尼日利亚及赞比亚这 4 个地区来港的非香港居民入境,并对相关抵港人士实施最严格的检疫要求。

     同时,特区政府将于 12 月 2 日凌晨零时起,禁止 21 天内曾逗留在澳大利亚、奥地利、比利时、加拿大、捷克共和国、丹麦、德国、以色列及意大利的非香港居民入境,收紧相关抵港人士的登机及检疫要求。

     那么,我国其他地区的防疫政策,是否会因 Omicron 的出现而进行调整呢?

     卫健委专家表示,我国目前的态度是暂时观望。

     11月 29日,国家卫生健康委组织中国疾控中心专家就 Omicron 相关问题进行解答时说,我国的「外防输入,内防反弹」防控策略对 Omicron 变异株仍然有效,中国疾控中心病毒病所已针对奥密克戎变异株建立了特异性核酸检测方法,并持续针对可能的输入病例开展病毒基因组监测,上述措施将有利于及时发现可能输入我国的奥密克戎变异株。

     钟南山也认为国家目前不会采取较大行动。

     钟南山表示这个变异株有多大的危害性、传播会有多快、会不会使疾病更加严重,以及是否需要针对它进行疫苗研发,还要根据情况来判断。现在下结论为时太早。现在还不会采取比较大的行动,但需要注意对南非有关地方来的人员进行防控。

     张文宏认为,我国现有的疫情防控措施足以应对 Omicron。

     「中国目前的快速响应与动态清零策略是可以应对各种类型的新冠变种的。新冠病毒再变,还是新冠病毒。中国目前处于动态清零策略所赢得的战略机遇期内,正在加速构建下阶段应对常态化抗疫所需要的科学支撑,包括形成足以支撑世界开放的有效疫苗与药物储备,以及公共卫生及医疗资源储备。

     基于科学与团结,我们可以应对 Delta,也可以应对 Omicron。」(策划:z_popeye、gyouza)

     致谢:感谢 生物医学博士及美国执业医生@阿司匹林 42195 米 对本文做出的贡献

     本文经中国疾控中心病原生物学博士 雷娜 专业审核

     【注】

     中国疾控中心病原生物学博士 雷娜 审核意见:

     随着疫苗和治疗的不断好消息传来,新冠病毒也变得越来越聪明。目前,Omicron 成为绝对优势变异株。WHO 最高级别的 VOC 清单(关切变异株)又多了一位,包括阿尔法(Alpha)、贝塔(Beta)、伽马(Gamma)、德尔塔(Delta)和奥密克戎(Omicron)。

     Omicron 在 HIV 感染者体内被发现,它的多次突变可能与患者的免疫功能低下有关,提醒我们应加强对免疫低下人群感染新冠病毒序列的监测。

     目前,国内的检测方法主要使用荧光定量 PCR 检测保守的 N 基因、ORF1ab 基因,可以提示新冠感染,但无法直接快速提示变异株的感染。Omicron 的多处突变也将为新冠病毒变异株的荧光定量PCR和快速检测(胶体金)带来挑战。

     而最为关心是,目前的疫苗是否对 Omicron 有保护作用?我们急需了解疫苗免疫后血清是否对 Omicron 活病毒有中和活性,以及真实世界 Omicron 毒株「突破感染」的观察数据。

     病毒在不断进化,我认为以不变应万变的「广谱新冠疫苗」是目前对抗新冠病毒感染的最好的方法。

     杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡国家传染病中心等机构的研究人员,发现 2003 年感染 SARS 的幸存者接种了 BNT162b2 疫苗,产生的抗体能够中和所有已知的 SARS-CoV-2 变异株和其它沙贝病毒亚属(Sarbecovirus)的冠状病毒[2]。值得关注。

     题图来源:图虫创意

     参考文献:

     [1]Starr TN, Greaney AJ, Bloom JD, et al. Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding. Cell. 2020 Sep 3;182(5):1295-1310.e20

     [2]Tan CW, Chia WN, Young BE, et al. Pan-Sarbecovirus Neutralizing Antibodies in BNT162b2-Immunized SARS-CoV-1 Survivors. N Engl J Med. 2021.

     [3]https://twitter.com/trvrb/status/1465364311048478725

     [4]file:///var/folders/ws/xj3_6zsn3tqdsfgrn9dq9x0c0000gn/T/MicrosoftEdgeDownloads/d0925226-c3b2-4a2e-8de4-99319e3ab14e/technical-brief-and-priority-action-on-Omicron%20(1).pdf

     [5]央视新闻

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