研究人员开发出CRISPRdisco软件
2018/4/28 17:28:19 中国科学院武汉文献情报中心

     在一项新的研究中，美国北卡罗莱纳州立大学的Rodolphe Barrangou、Alexandra Crawley和AgBiome公司的James Henriksen开发出一种被称作CRISPRdisco(CRISPR discovery)的自动化生物信息学工具，该工具旨在提高日益多样化的CRISPR-Cas基因组编辑系统的实用性和可用性，并帮助科学家们鉴定出基因组中的CRISPR重复序列和cas基因。这种可免费获得的软件提供标准化的高通量分析方法来检测CRISPR重复序列并准确地确定它们的类别、类型和亚型。相关研究结果于2018年4月9日在线发表在CRISPR Journal期刊上，论文标题为“CRISPRdisco: An Automated Pipeline for the Discovery and Analysis of CRISPR-Cas Systems”。Barrangou也是CRISPR Journal期刊的主编。

    

     在这项研究中，这些研究人员利用CRISPRdisco对来自美国国家生物信息技术中心参考序列数据库(NCBI RefSeq database)的2777个完整基因组进行分析，从中鉴定潜在的CRISPR-Cas系统，并对它们进行分类。他们强调了能够区分完整的和不完整的CRISPR系统的重要性，确定了潜在完整的和功能性的CRISPR-Cas系统之间在体内的关联性，并且利用计算机模拟(in silico)确定了CRISPR-Cas多样性。重要的是，所有人都可通过GitHub网络平台(一个面向开源及私有软件项目的托管平台)获得这个软件，并且该软件能够让新手分析和描述各种基因组数据集中的CRISPR-Cas系统。

     CRISPR Journal期刊执行编辑Kevin Davies博士说，“新的生物信息学工具、程序和数据库正在协助推动CRISPR革命，而且我们很乐意为验证其中的一些重要平台提供论坛。”

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