为什么奥密克戎XBB.1.5在美国的流行又坐回去了？靠谱吗？
2023/1/10 18:45:17 诚君健谈
2022年最后一天，美国CDC例行发布的新冠病毒变异监测报告显示，
2022年12月31日，美国CDC例行发布的美国新冠病毒变异体监测报告显示，奥密克戎新亚变异体XBB.1.5异军突起，1周内几乎翻倍，
跃升占到了美国所有流行毒株的近40.5%，挤掉先前连续霸榜的BQ.1和BQ.1.1，成为了美国流行的优势毒株。
然而，仅仅过去了1周，CDC于2023年1月7日发布的报告称，XBB.1.5在美国的流行占比又坐了回去，回到了27.6%，BQ.1.1则“回升”到了34.4%，再次成为美国流行的优势毒株。
这是怎么回事？XBB.1.5为什么在1周的时间内反而大幅度往回坐呢？美国CDC的监测靠谱吗？
出现这种现象的原因在于CDC使用和报告的是两种监测方法，上图左上角“Nowcast”开关的一开一关，显示的就是这两种方法给出的结果。
当关掉“Nowcast”开关，最新结果则是2022年12月11日到12月17日1周的结果。
“Nowcast”开关的开与关有什么不同呢？
美国流行新冠毒株比例监测
美国CDC对新冠病毒变异体的监测数据主要来自于美国国家新冠病毒毒株监测(NS3)计划收集到的新冠病毒样本测序，以及与美国CDC、州或地方公共卫生实验室签约的商业或学术实验室产生的新冠病毒序列。
通过上述途径，美国CDC每周收集和分析数千个新冠病毒序列，然后根据收集样本的地区和人口估计基于地区和人口的新冠病毒流行毒株的比例。
具体的估计方式分为两种：加权估算和临期预测估值。
加权估值
加权估值(Weighted estimates)，是根据实际收集到的样本测序结果，赋予不同地区和人口的权重而估算出在全国和不同地区新冠毒株流行的比例。
由于获取未加权数据的过程包括样本采集、标本处理、运输、分析和上传到公共数据库，这些都需要一定时间，因此加权估值不可能包括最近几周的数据。
具体来说，CDC发布的加权估值不包括最近3周的数据，即公布的是3周之前的数据。
这就是当关闭“Nowcast”开关后，显示的最新的是2022年12月11日到12月17日1周的数据。
也就是说，当关闭“Nowcast”开关后，只能看到基于实际测序结果的美国和不同地区流行新冠毒株的比例数据。
当一种毒株的加权估计值低于所有流通变异体的1%时，就会被与其亲本系合并。
当加权估计值超过1%的阈值，并且在其刺突蛋白中看到具有可能影响疫苗效力、传播或疾病严重程度突变时，它就可以被从其亲本系中分离出来，单独显示在变异比例数据中，作为一种需要被关注的变异亚系。
由于一段时间来，美国流行的都是奥密克戎多个亚系的不同分枝，被单独列出的都是比例超过1%的分枝，低于1%的不会被单独列出，而是被合并到其木系变异分枝中。
临期预报估值
如果只看上述加权估值，能了解到的只能是3周之前的数据，最近的3周就成了一个数据空窗期。
如何了解最近3周可能的数据呢？
采用的就是所谓临期预报估值(Nowcast estimates)的方式进行趋势性预测估计。
具体来说，就是基于率先收集的少数样本的测序结果作为原始数据，进行加权处理后给出最近3周可能流行的毒株比例的预测性估计。
这种方式的优点是，可以获得趋势性预测值；
缺点是，由于新的变体刚刚开始传播时所能收集到的序列数据有限，并且获得增长率数据并不稳定，得出的这些预测值自然具有更高的不确定性，在更宽的范围呈现波动。
这样，收集到的少量序列微小的增减就可能导致预测值产生较大幅度的误差变动。
如何阅读美国CDC的新冠变异体流行比例数据
这样，我们在阅读美国CDC的新冠变异体流行比例数据时，实际上可以看到2组数据，一组是关掉Nowcast开关看到的基于实测数据的加权估计值，即可以视为实际的数据。
但，在这个选项下，我们只能看到3周之前的结果。
要了解最近3周的数据，只能看到打开Nowcast开关后的临期预测估值。
由于这种估值仅根据少数数据进行“大胆”的预测得出的，与实际流行比例差距可能更大，并且随着测序数据的不断累积，数据也会不断变动。
比如，上周还说XBB.1.5流行占比达到了40.5%，成了超过BQ.1和BQ.1.1的优势毒株；本周却又说，XBB.1.5占比“回缩”到了27.6%，反而是BQ.1.1“回升”到了34.4%，再次成为美国流行的优势毒株。
出现这种变化的原因就是，我们看到的是原本就不那么确实的临其预测值。
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