想不做实验、两年内晋升，有什么正当途径吗？
2023/4/16 12:00:00 丁香园
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科室的主治医生小王博士最近很烦躁，马上又要职称晋升了，自己却无高分文章、无重要课题，眼瞅着同龄人们顺风顺水的，昔日的学霸小王内心很不是滋味。
临床医生科研基础相对较弱，日常的临床工作占去了大部分时间，想要积攒实验数据可谓是难上加难。这不，小王开始发挥起「学霸」精神，全方位搜索快速发文章的正当途径，一篇影响因子高达 27 分的 SCI 吸引了他的目光。
这篇发表于Molecular Cancer杂志的论文题目为Hiding in the dark: pan-cancer characterization of expression and clinical relevance of CD40 to immune checkpoint blockade therapy，影响因子 27 分 +!
图 1：来源 Molecular Cancer
细读起来这篇文章不难，主题属于纯生信单基因泛癌分析，两个结果很明晰简单，分别是 CD40 与 1 型抗肿瘤反应和良好预后有关，CD40 靶向 RAS/RAF/PI3K，与免疫治疗相关。最关键且让小王震惊的是，作者并没有做实验，单靠纯生信分析，就获得了这篇高分文章!小王说干就干，马上决定模仿前辈们开启高速发表论文的征程。
一、生信分析是什么？
对于生信小白而言，首先要了解自己将要使用的工具属于什么范畴？
生信分析，一种对测序数据或公共数据库的数据进行分析挖掘，找到疾病相关的基因或蛋白(俗称「靶点」)并进行相关分析的研究手段。简而言之，就是以计算机为工具对大量且复杂的生物数据进行储存、检索和分析的科学，有效地弥补传统生物学无法处理和展示庞大的数据量的弊端。
上面提到的 27 分的高分论文，采用的是 TCGA / TARGET / GTEx RNA-Seq 联合数据集，风格比较独树一帜。平时生信分析套路则是下载同行已经完成的芯片数据，分析筛选差异基因，构建蛋白质互作网络，最后利用 Gene Ontology 和 KEGG 通路富集分析。如果能有效地将各种数据集整合分析、为己所用，那么文章的档次和质量将大大提升!
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二、生信分析需要掌握什么工具？
磨刀不误砍柴工，初步了解到生信分析的套路之后，掌握好各种生信分析的软件和在线工具可助力我们加速研究进程。
GENEIOUS 是一款综合性生物信息学软件，用于分析和处理生物信息学数据。DAVID 与 KOBAS 进行 KEGG 通路富集分析，使用 GOplot绘制高颜值的 GO 分析图。Evolview是一款强大的进化树在线编辑软件，可用于绘制出高颜值的进化树。
RSeQC 是一款 RNA-Seq 质控工具，提供一系列有用的小工具能够评估高通量测序，为我们的研究保驾护航。Pathview是一个可视化 KEGG 通路的 R 包，是一个基于路径的数据集成和可视化工具集。
上述工具林林总总，令人眼花缭乱，那么让我们深入学习一下吧。
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三、如何提高生信 SCI 论文质量？
由于生信分析上手快、发文量大且发表速度快，无需做很多实验验证，久而久之导致部分研究人员对生信分析存在一定偏见，认为有「灌水」之嫌。其实，任何文章只要立意高、质量好，不管采用什么方法都能够变成高分 SCI。
目前，多组学联合分析在生信分析中一枝独秀，以多维度、多层次揭示科学问题深受科研人员欢迎。多组学分析看似简单，实际上在数据处理和挖掘中困难重重，如何合理地进行数据挖掘、数据整合和生物信息分析，进行文章的结构铺排和展开，决定了论文的质量和高度。
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四、如何进行有效选刊？
生信分析每年发文量巨大，相对来说对国人比较友好。如何有效选刊，使医生们的研究成果又快又好地发表，短时间内达到晋升条件，是极其重要的。
选刊前需谨慎，找准个人文章的定位，例如研究方向、研究水准、数据量是否丰富，纯生信文章还是干湿实验结合，也要了解期刊的套路和规则，是否接受纯生信，是否要求湿实验，审稿难度和速度如何，国人占比如何。此外，医生们一定要爱惜个人学术羽毛，不可图快图多，慎防被野鸡期刊和预警期刊套路，使自己的研究成果付之东流。
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只要功夫深，铁杵磨成针，看来生信分析作为发文利器，有效掌握这项利器对自己发文、申请基金和晋升将大有裨益，小王决定锚定生信分析、快速发文，期待他的好消息!
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本文作者：第九棵橡树文章排版：fs配图来源：丁香实验设计团队
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