关于举办“微生物组研究及数据分析专题培训班”的 通知
2018/3/27 中国科学院人才交流开发中心
“微生物组”(microbiome)是指存在于特定环境 (生态位，biotype)中所有微生物种类及其遗传信息和功能的集合，其不仅包括该环境中微生物间的相互作用，还包括有微生物与该环境中其它物种及环境的相互作用。微生物作为地球上进化历史最长、生物量最大、生物多样性最丰富的生命形式，推动地球化学物质循环，影响人类健康乃至地球生态系统，蕴藏着极为丰富的物种资源和基因资源。在自然条件下，各类微生物与其所处的环境及环境中存在的宿主构成了复杂的生态系统，微生物以其社会行为，在维护人类健康及地球生态系统物质循环中发挥着不可替代的作用。
为推动我国微生物组学的发展，提高从业人员的技术水平，更好地促进专家学者们在研究中的分享和交流，由中国生物工程学会生物技术与生物产业信息工作委员会、中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心主办，中国科学院人才交流开发中心、北京中科创嘉人力资源咨询有限公司协办了“微生物组研究及数据分析专题培训班”，培训班采用理论和实际案例分析相结合的教学形式，使学员在短时间内对微生物组学研究中涉及的知识和方法得到迅速提升，同时学员与授课专家进行现场交流与咨询，探讨在平时工作、研究中的瓶颈问题，以拓宽自己的研究思路，共同挖掘微生物资源的研究价值和应用前景。
具体事宜通知如下：
一、培训特色：
1. 权威师资，所有讲师均来自微生物组权威研究机构，具备丰富的数据分析和项目执行经验；
2. 丰富的案例讲解配合理论知识的传授，帮助学员快速掌握分析方法和实际应用；
3. 依托测序中心和数所中心举办，为未来合作奠定基础；
4. 配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开;
5. 学员通过与专家直接交流，能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。
二、培训对象：
大中专院校生命科学、生物信息、生态学、生物计算、医学；对生物信息有一定了解的在校教师，研究生、博士生及科研单位从事该领域的研究人员
三、时间地点：2018年5月31日——6月3日
(时间安排：第1天报到，授课4天)
中国科学院微生物研究所E301
四、培训内容
一、微生物组学研究趋势与方法
1、单菌不同水平(如DNA、RNA、蛋白等)的研究趋势和方法
2、如何利用这些组学研究的内容
二、序列组装和功能分析---DNA水平
1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。
2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞
3、基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析
4、微生物分析内容和方法
5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究
三、微生物基因组
1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题
2、 微生物群落和宏(元)基因组学
2.1 微生物群落的动态平衡
2.2 人体微生物群落特征
2.3 微生物群落和疾病
3、病原菌泛基因组学和进化研究
3.1 微生物基因组的特征
3.2 基因相互作用网络的结构
3.3 生态环境与种群基因组进化
4、病原菌转录组和单细胞研究
4.1 单细胞研究的必要性和需要注意的问题
4.2 病原菌在压力条件下，单细胞的基因表达和调控
5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性
5.1 致病菌的基因组特征和进化
5.2 微生物群落对致病菌的控制作用
5.3 环境因素诱导基因表达对致病性的影响
四、 高通量时代的宏基因组学研究
1. 应用于宏基因组学研究的 NGS 平台
1.1 Roche/454 GS FLX Titanium
1.2 HiSeq 2000
1.3 PacBio RSII
2. 实验流程
2.1实验设计
2.1.1 Amplicon-based: 细菌 16S rRNA，古菌 16S rRNA，真菌 ITS， 真菌 18S
2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome
2.2 建议测序量
2.3样本采集流程，水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔
3. 生物信息学分析结果解析
3.1 测序结果评估，数据统计、OUT 聚类、稀释性曲线(Rarefaction curve)，指数分析(Alpha-diversity)、OUT 分类学分析(Taxonomy)
3.2 群落结构及丰度分析：Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成 分析、样品 OUT 分布 Venn 图、Heatmap 图、PCR 主成分分析
3.3 分类学和进行关系分析：系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA
4 生物信息学数据分析工具
4.1序列质量控制(quality control): fastqc
4.2序列组装(Metagenomic assembly tool): MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2
4.3 Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST
4.4 多样性分析(Microbial diversity analysis): MLST; Axiome; PHACGS
4.5 功能注释(Functional annotation): RAMMCAP
4.6 基因注释( Gene annotation/gene calling ) : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator
4.7 聚类(Binning): TETRA; MetaCluster; Phymm
4.8 一站式服务器(Automated platforms/servers for comparative and functional
analysis): MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY
5 宏基因组勘探(Prospecting metagenomes):
5.1 Substrate induced gene expression (SIGEX)
5.2 Metabolite regulated expression (METREX)
5.3 Product induced gene expression (PIGEX)
6 案例分析，大型宏基因组项目
6.1 Human microbiome
6.2 Earth Microbiome
五、主讲专家：
主讲老师来自中科院等科研机构的权威专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物信息领域项目研究，具有资深的技术底蕴和专业背景。
六、学员准备：
1.自备笔记本电脑；
2. 提前下载相关数据分析软件；
3. 身份证复印件一张。
七、报名办法及费用：
每人￥4500元(含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费)，食宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加，报名回执表请邮件至会务处。
付款账号：北京中科创嘉人力资源咨询有限公司
银行账号：4030200001819400009809
开 户 行：华夏银行中关村支行
八、会务处联系方式：
课程咨询：吴林寰 010-64807385-8012
报名及会务咨询：
张晨 010-62560538 邮箱：zhangchen@casjob.com
金爽 010-62560538 邮箱：jinshuang@casjob.com
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