【公开课预告】SCUBA：不依赖天然结构片段拼接的蛋白质主链从头设计
2022/3/7 16:25:34 生物密探

    

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     SCUBA：不依赖天然结构片段拼接的蛋白质主链从头设计

     大家还记得前几天刷屏的中国科技大学刘海燕和陈泉老师团队开发的蛋白质设计方法吗？这段新闻联播的视频估计也看到好多次吧：)本周末，我就为大家邀请到了开发该技术的团队主要成员之一黄斌博士，给我们介绍一下这项蛋白质设计技术，这也是该技术发表以来第一次在公开场合的详细介绍。

     蛋白质是生物体基础的结构和功能分子，对蛋白质进行设计具有重要的理论和实践意义。蛋白质设计最直接的步骤是使设计的氨基酸序列能够折叠为目标蛋白结构，这就要求目标蛋白结构是可设计的。

     天然蛋白结构作为目标结构一定是可设计的，然而自然界中已有的天然蛋白结构是有限的，这限制了蛋白质设计的应用范围。因此，如何获得更多样的可设计蛋白主链结构成为一个重要的课题。当前已有的蛋白主链设计方法主要是使用天然蛋白结构片段拼接并优化得到可设计的主链结构，这限制了人工设计蛋白的结构多样性和可变性。

     SCUBA是一种不依赖天然结构片段拼接的蛋白质主链从头设计方法，该方法基于数据驱动的统计能量模型，结合神经网络以及随机动力学模拟方法，可以在氨基酸序列待定的前提下连续广泛地搜索主链结构空间，进而产生可设计的蛋白主链结构。该方法经过实验的验证，补充了已有的蛋白质设计工具链，也为后续按需设计具有特定空间结构和预期功能的全新蛋白质奠定了基础。

    

     黄斌

     - 上海智峪生物科技研发部高级研究员

     - 2021年博士毕业于中国科学技术大学，本科毕业于哈尔滨工业大学生物工程专业。

     - 博士期间工作主要是围绕蛋白质设计方向，特别是蛋白质主链从头设计。博士期间参与开发了数据驱动的蛋白质主链能量函数SCUBA，在此基础上搭建了不依赖片段拼接的蛋白主链设计优化流程和方法，并通过生物化学实验证明使用该方法从头设计的模型蛋白结构与实验结构高度相似。

     参与方式

     日期：2022年3月12日

     时间：北京时间20:00

     直播平台：ZOOM

     会议 ID: 825 4431 6951

    

    

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